News list

January 17, 2018

Подскажите, пожалуйста.

Timur Madzhidov

Подскажите, пожалуйста. Задача такая: по предсказанной AutoDock Vina энергии связывания в ккал/моль посчитать Ki в нМ. Формула известна: дG= –RT*lnKi Помогите, пожалуйста, разобраться: в какие единицы переводить дG и в каких единицах я получу Ki после потенцирования?

Заранее спасибо.

Read More

January 17, 2018

Russ China Workshop

Ramil Nugmanov

to be

Read More

January 16, 2018

Подскажите, пожалуйста.

Timur Madzhidov

Подскажите, пожалуйста. Задача такая: по предсказанной AutoDock Vina энергии связывания в ккал/моль посчитать Ki в нМ. Формула известна: дG= –RT*lnKi Помогите, пожалуйста, разобраться: в какие единицы переводить дG и в каких единицах я получу Ki после потенцирования?

Заранее спасибо.

Read More

January 14, 2018

PlayMolecule: it is a repository of best-in-kind applications regarding

Timur Madzhidov

PlayMolecule: it is a repository of best-in-kind applications regarding molecular predictors and tools for modeling and molecular dynamics simulations.

Those applications are: Kdeep, an affinity constant predictor; DeepSite, a binding site detector; ProteinPrepare, an accurate protocol to prepare proteins for MD simulations; LigVoxel, a ligand properties estimator based on binding pocket structure; CryptoScout, a cryptic pocket detector based on benzene MD simulations. More will come soon. Y...

Read More

January 12, 2018

Федя, где мой квантовый телефон? Сейчас будем Фулерен считать!

Timur Madzhidov

Федя, где мой квантовый телефон? Сейчас будем Фулерен считать!

Квантовая химия - передовой край теоретической химии. Какие только перспективы не сулит эта область. Но проблема всегда одна - нет достаточной мощности провести нормальные расчеты. Всегда требуется принимать всё новые и новые упрощения. При этом также падает и сложность систем, которые хотелось бы помоделировать. Но что, если упрощения больше не нужны? Запусти Докинг лиганда с белком на квантах и получи ответ через 5 минут. Реаль...

Read More

January 10, 2018

#bioinfcontest #bioinfcontest2018

Timur Madzhidov

bioinfcontest #bioinfcontest2018

[club29354345|Институт биоинформатики] совместно с [club94|Университетом ИТМО] проведут вторую онлайн-олимпиаду по биоинформатике Bioinformatics Contest 2018!

Для победы нужно решить как можно больше биоинформатических задач за 24 часа, используя любой удобный язык программирования. Если вы хотите попробовать свои силы, спешите подписаться на новости bioinf.me/contest!

Олимпиада пройдет полностью онлайн на платформе [club74099769|Stepik]. Отборочный ...

Read More

January 09, 2018

ТРЕТЬЯ ШКОЛА-СЕМИНАР "ОТ ЭМПИРИЧЕСКОЙ К ПРЕДСКАЗАТЕЛЬНОЙ ХИМИИ"

Timur Madzhidov

ТРЕТЬЯ ШКОЛА-СЕМИНАР "ОТ ЭМПИРИЧЕСКОЙ К ПРЕДСКАЗАТЕЛЬНОЙ ХИМИИ"

Друзья, с 5 по 6 апреля 2018 года мы проведем пока что последний из запланированных школ-семинаров "От эмпирической к предсказательной химии". Это мероприятие поддерживается Российским научным фондом в рамках нашего проекта 14-43-00024, который в 2018 году, к сожалению, заканчивается.

НО ПОКА! Мы ждем всех, кто использует вычислительные подходы в решении задач химии, дизайне веществ и материалов. Программа мероприятия уто...

Read More

January 09, 2018

АРТЕФАКТЫ ХИМИЧЕСКИХ СВЯЗЕЙ

Timur Madzhidov

АРТЕФАКТЫ ХИМИЧЕСКИХ СВЯЗЕЙ

Химическая связь - штука довольно неопределенная. Как человек, который в кандидатской диссертации занимался изучением природы связи, могу сказать, что нормального, устраивающего всех определения что такое химическая связь - нет. Эта проблема очень сильно стоит в квантовой химии, поскольку как таковое, понятие связи исчезает, когда проводится расчет с помощью метода молекулярных орбиталей - действительно, в волновой функции и электронной плотности нет никакого наме...

Read More

January 09, 2018

Third International School-Seminar "From Empirical to Predictive chemistry"

Ramil Nugmanov

We are pleased to announce Third International School-Seminar "From Empirical to Predictive chemistry" (E2PC2018) which will be held in Kazan on 5-6 April, 2018.

The School-seminar is regular event organized in the framework of the project 14-43-00024 funded by Russian Scientific Foundation that is mainly designed to establish new connections between theoretical chemists in order to make wider overview of field. The general conception of the event is cross-education when spe...

Read More

December 08, 2017

Tautomeric Equilibria Database.

Timur Gimadiev

Database consist of 3 .RDF files (1 train set and 2 test sets). To obtain .RDF files, please click to download.

Read More