News list

March 31, 2018

Can we accelerate medicinal chemistry by augmenting the chemist with Big Data and artificial...

Timur Madzhidov

Can we accelerate medicinal chemistry by augmenting the chemist with Big Data and artificial intelligence?

Интересное рассуждение о том, как можно ускорить процессы в медицинской химии за счет использования больших данных и искусственного интеллекта. У меня сложилось ощущение, что авторы работали в основном в медхимии, поэтому не до конца представляют возможности, которые есть. Очень сильно все сдвинуто в сторону Matched Molecular Pairs (как нибудь напишу об этом большой материал из серии кл...

Read More

March 28, 2018

PhD position at IFP Energies nouvelles (Rueil-Malmaison, France)

Timur Madzhidov

PhD position at IFP Energies nouvelles (Rueil-Malmaison, France)

IFP Energies nouvelles ищет аспиранта с хорошим владением средствами хемоинформатики для предсказания новых поверхностно-активных соединений. Лично знаю будущего руководителя, Бенуа Кретона, он участвовал в Kazan Summer School on Chemoinformatics 2 года назад. У них очень необычное применение средств моделирования и хемоинформатики - для поиска реагентов и оптимизации процессов в нефтегазовой отрасли и нефтепереработке. Очень р...

Read More

March 27, 2018

Chemistry meets mathematics: Molecular modeling, machine learning and data analysis for solving the...

Timur Madzhidov

Chemistry meets mathematics: Molecular modeling, machine learning and data analysis for solving the actual problems of organic and bioorganic chemistry

Научный семинар Сколковского института науки и технологий будет посвящен обсуждению решений актуальных проблем органической и биоорганической химии с использованием методов молекулярного моделирования, машинного обучения и анализа данных. Дата: 30 марта c 15:00 до 19:00 Адрес: Москва, Сколковский институт науки и технологий Территория Инновац...

Read More

March 25, 2018

3D-e-Chem: Structural Cheminformatics Workflows forComputer-Aided Drug Discovery

Timur Madzhidov

3D-e-Chem: Structural Cheminformatics Workflows forComputer-Aided Drug Discovery

Недавно писал для тех, кто не умеет или не хочет учиться программировать, а делать исследования в области дизайна лекарств очень хочется: https://vk.com/chemoinformatics?w=wall-107190233_769

Тогда порекомендовал попробовать в этом случае KNIME. Чем он хорош: это просто визуальное программирование и не владея совершенно ни одним языком можно делать большинство операций. Например, вам нужно из файла который у ва...

Read More

March 25, 2018

Недавно была публикация про KDEEP для предсказания аффинности.

Timur Madzhidov

Недавно была публикация про KDEEP для предсказания аффинности.

Сейчас попытался "обкатать" его. Но возникла проблема. Отказывается мне что-то предсказывать и выводит сообщение: [20:03:39] Explicit valence for atom # 1 N, 5, is greater than permitted [20:03:39] ERROR: Could not sanitize molecule ending on line 44 [20:03:39] ERROR: Explicit valence for atom # 1 N, 5, is greater than permitted

Файлы прилагаю (SDF с набором лигандов и PDB).

Кто-нибудь может подсказать, в чём тут проблема, ...

Read More

March 24, 2018

Недавно была публикация про KDEEP для предсказания аффинности.

Timur Madzhidov

Недавно была публикация про KDEEP для предсказания аффинности.

Сейчас попытался "обкатать" его. Но возникла проблема. Отказывается мне что-то предсказывать и выводит сообщение: [20:03:39] Explicit valence for atom # 1 N, 5, is greater than permitted [20:03:39] ERROR: Could not sanitize molecule ending on line 44 [20:03:39] ERROR: Explicit valence for atom # 1 N, 5, is greater than permitted

Файлы прилагаю (SDF с набором лигандов и PDB).

Кто-нибудь может подсказать, в чём тут проблема, ...

Read More

March 22, 2018

SCAFFOLD HUNTER

Timur Madzhidov

SCAFFOLD HUNTER

Попробую ввести рубрику классических работ по хемоинформатике, о которых нужно знать 😊. Буду пытаться время от времени развлекать актуальной стариной.

Сегодня у нас - дерево скаффодов и Scaffold Hunter.

Применение концепции химического пространства в хемоинформатике связано с анализом распределения в нем объектов и поиском закономерностей. Пространство химических объектов - это по сути пространство молекулярных графов. И нужно как-то в нем ориентироваться, искать какие ест...

Read More

March 21, 2018

ПОЛЕЗНЫЙ РЕСУРС ДЛЯ ПОИСКА СТАТЕЙ

Timur Madzhidov

ПОЛЕЗНЫЙ РЕСУРС ДЛЯ ПОИСКА СТАТЕЙ

Отличная штука, которая объединяет Google Scholar и Sci-Hub. Удобно искать статьи. Надо пользоваться пока не закрыли. Я думаю, скоро на него начнется охота.

https://sci-bay.org/

Links:

Read More

March 21, 2018

Семинар в Институте биомедицинской химии

Timur Madzhidov

Семинар в Институте биомедицинской химии

3 апреля 2018 года в 16:00 в конференц-зале Института биомедицинской химии (Погодинская ул., 10, стр.8, 2-й этаж) состоится лекция профессора Alex Tropsha, Eshelman School of Pharmacy, University of North Carolina at Chapel Hill, USA «The Splendors and Miseries of Chemical Alerts».

http://www.ibmc.msk.ru/ru/component/content/article/526-3-2018-1600-alex-tropsha-eshelman-school-of-pharmacy-university-of-north-carolina-at-chapel-hill-usa-lthe-splendo...

Read More

March 20, 2018

ПРЕДСКАЗАНИЕ ЭКОЛОГИЧЕСКИХ СВОЙСТВ СОЕДИНЕНИЙ

Timur Madzhidov

ПРЕДСКАЗАНИЕ ЭКОЛОГИЧЕСКИХ СВОЙСТВ СОЕДИНЕНИЙ

В статье Камеля Менсури разработаны модели для предсказания поведения химических соединений в окружающей среде и имплементированы в открыто доступную программу OPERA (https://github.com/kmansouri/OPERA.git).

Предсказываются следующие свойства: -Atmospheric hydroxylation rate -Bioconcentration factor -Biodegradability half-life -Boiling point -Henry’s Law constant -Fish biotransformation half-life -Octanol–air partition coefficient -Soil ...

Read More