News list

March 18, 2018

Обзор по киназам как мишеней дизайна лекарств

Timur Madzhidov

Обзор по киназам как мишеней дизайна лекарств

Киназы - одни из самых распространенных мишеней для дизайна лекарств. Так, тирозин киназы атакуются для борьбы с пролиферацией и ангиогенезом рака.

Обзор в Nature о новых мишенях, связанных с ними биологических процессах и проектах по киназы-ориентированному дизайну лекарств.

https://www.nature.com/articles/nrd.2018.21

Links:

Read More

March 17, 2018

ПРОСТЫЕ ТЬЮТОРИАЛЫ ПО ГЛУБОКОМУ ОБУЧЕНИЮ НА PYTHON

Timur Madzhidov

ПРОСТЫЕ ТЬЮТОРИАЛЫ ПО ГЛУБОКОМУ ОБУЧЕНИЮ НА PYTHON

Глубокое обучение - там очень хайповая в машинном обучении. Для тех, кто хочет начать или попробовать покодить их на Python, есть куча материала, кое что я тут кину ниже.

Но сначала отвлекусь. Обращаю внимание, что не надо думать, что если вы используете глубокое обучение для решения обычных в хемоинформатике QSAR задач - вы получите предсказание лучше, чем при использовании более простых методов. Наиболее вероятно, что вы получите примерн...

Read More

March 17, 2018

Novel and bioactive small molecules have been designed by Artificial Intelligence after the model...

Timur Madzhidov

Novel and bioactive small molecules have been designed by Artificial Intelligence after the model had been trained by 500k bioactives (< 1uM) from ChEMBL22 database. A major step forward in the argument with non-believers. https://www.biopharmatrend.com/post/51-a-clear-example-of-ai-value-for-drug-discovery-has-arrived/

Links:

Read More

March 16, 2018

ХАКАТОН "НОВЫЕ МАТЕРИАЛЫ И ИХ КОМПЬЮТЕРНЫЙ ДИЗАЙН"

Timur Madzhidov

ХАКАТОН "НОВЫЕ МАТЕРИАЛЫ И ИХ КОМПЬЮТЕРНЫЙ ДИЗАЙН"

Пост от Георгия Шахгильдяна (https://www.facebook.com/geo.shkh)

Заходит Дмитрий Иванович Менделеев в бар и говорит: "Ну что, потомки, научились уже создавать новые материалы на своих этих блокчейнах с бигдатами? Или все в лабораториях сидите, да синтезируете наугад, аки пни древесные?".

Мда. Тут не до "ха-ха" всем стало. И решили мы сделать хакатон по новым материалам! Мы же университет Менделеева, не будем расстраивать Дмитрия Ивановича...

Read More

March 15, 2018

ЦИТОКИНОВЫЕ РЕЦЕПТОРЫ КАК МИШЕНИ ДИЗАЙНА

Timur Madzhidov

ЦИТОКИНОВЫЕ РЕЦЕПТОРЫ КАК МИШЕНИ ДИЗАЙНА

Пост от Дмитрия Осолодкина в Facebook (https://www.facebook.com/osolodkin/posts/10213930612812872?comment_id=10213945015692935&reply_comment_id=10213945070254299). Мне показался интересным. Более того Митя готов взять под нее аспиранта.

Цитокининовые рецепторы — очень благостная для любителей структурного дизайна малых молекул система. Несколько подтипов в каждом растении, отличаются лигандной специфичностью и локализацией. Гормон фиксируется надёжн...

Read More

March 15, 2018

THEORETICALLY SPEAKING - ПОДКАСТЫ О ТЕОРЕТИЧЕСКОЙ ХИМИИ

Timur Madzhidov

THEORETICALLY SPEAKING - ПОДКАСТЫ О ТЕОРЕТИЧЕСКОЙ ХИМИИ

Классная инициатива - подкасты о теоретической химии от студентов Оксфордского университета. Ну и заодно можно потренировать умение понимать английский на слух 😊

  1. Что такое теоретическая химия
  2. Симуляция биомолекул
  3. Динамика химических реакций и виртуальная реальность
  4. Хемоинформатика
  5. Молекулярное симулирование и оригами из ДНК
  6. Теория функционала плотности
  7. Квантовые вычисления и их использование в химии

https://sound...

Read More

March 13, 2018

Reinforcement learing для дизайна библиотек соединений, обладающих требуемыми свойствами

Timur Madzhidov

Reinforcement learing для дизайна библиотек соединений, обладающих требуемыми свойствами

В предыдущем посте (https://vk.com/chemoinformatics?w=wall-107190233_830) писал, что такое обучение с подкреплением. А вот и свеженькая статья как это можно использовать в химии. Мария Попова, Олесь Исаев и Алекс Тропша несколько месяцев назад предложили использовать обучение с подкреплением для создания SMILES строк соединений. Причем в процессе генерации SMILES строки подкрепление полагается равным нул...

Read More

March 12, 2018

Reinforcement learning tutorial using Python and Keras

Timur Madzhidov

Reinforcement learning tutorial using Python and Keras

Для помешанных на машинном обучении и тех, кто хочет понять, как все устроено в современном AI.

Нашумевшая история, что компьютер побил человека в игре в Го. Повторяться не будем, можете загуглить. А вам не было интересно, как он это сделал? Там несколько было примочек, но одна из ключевых - обучение с подкреплением (reinforcement learning). Условно говоря, это третий способ обучения: наряду с обучением с учителем (supervised learning) ...

Read More

March 10, 2018

Python for Bioinformatics (2018, 2nd edition)

Timur Madzhidov

Python for Bioinformatics (2018, 2nd edition) (https://vk.com/proglib?w=wall-54530371_185508) Автор: Sebastian Bassi

python@proglib #book@proglib

Ссылка на книгу: https://t.me/progbook/581

Обеспечивает надежное введение в программирование с помощью Python, что делает книгу доступной для читателей без предварительного опыта программирования. Содержит готовый к использованию код, применимый к биологическим проблемам реального мира. Весь код, включенный в эту книгу, доступен в другом репозит...

Read More

March 10, 2018

ХИМИЧЕСКИ ИНДУЦИРОВАННАЯ СБЛИЖЕННОСТЬ В БИОЛОГИИ

Timur Madzhidov

ХИМИЧЕСКИ ИНДУЦИРОВАННАЯ СБЛИЖЕННОСТЬ В БИОЛОГИИ

Интересный образовательный материал для расширения кругозора для тех, кто увлекается дизайном лекарств. Как химические вещества могут сближать биологические молекулы (мааленькая молекула заставляет сближаться огрооомные биомолекулы), на что это может влиять, и, главное, как это можно использовать.

http://science.sciencemag.org/content/359/6380/eaao5902.full

Links:

Read More