News list

March 08, 2018

OPEN SOURCE ИНСТРУМЕНТЫ В ХЕМОИНФОРМАТИКЕ

Timur Madzhidov

OPEN SOURCE ИНСТРУМЕНТЫ В ХЕМОИНФОРМАТИКЕ

Часто тут обсуждаем инструменты какие есть. Нашел неплохой обзор по open source инструментам, которые есть в хемоинформатике и молекулярном моделировании. Причем описано много полезных инструментов для работы с 3D структурами молекул и биополимеров.

Описывается много всего, и я думаю каждый найдет что-нибудь интересное:

инструменты для оперирования и обработки структур -тулкиты (например, CDK, RDKit) -готовые программы прогнозирования и расчеты ха...

Read More

March 08, 2018

Открыты Postdoctoral позиции в квантовом центре в институте Нильса Бора

Timur Madzhidov

Открыты Postdoctoral позиции в квантовом центре в институте Нильса Бора

Может кого заинтересует..

http://qdev.nbi.ku.dk/positions/

Links:

Read More

March 06, 2018

Путь препарата от разработки до выхода на рынок может занимать годы и даже десятилетия, ведь нужно...

Timur Madzhidov

Путь препарата от разработки до выхода на рынок может занимать годы и даже десятилетия, ведь нужно быть полностью уверенными, что он окажется эффективным и безопасным для людей. Подробнее об этапах клинических испытаний — в рассказе директора департамента клинических исследований ГЕРОФАРМ Романа Драя.

Формирование гипотезы

Разработка препарата в компании ГЕРОФАРМ начинается в собственном R&D центре — Фарм-Холдинге, молекулу также можно где-то купить на любом из последующих этапов. Практи...

Read More

March 06, 2018

Chemistry of Drugs - David E. Newton

Timur Madzhidov

Chemistry of Drugs - David E. Newton Химия лекарственных препаратов Книга отлично подойдёт фармацевтам, провизорам, врачам со специальностью "Медицинская биохимия". В книге ярко описаны многие лекарственные препараты, начиная с антибиотиков и заканчивая ноотропными средствами.

медхимия@chemzone #фармхимия@chemzone #книги@chemzone

Newton@chemzone

Links:

Read More

March 05, 2018

Prediction of the activation energies of the reactions of Cycloaddition

Ramil Nugmanov

The model predicts the actiation energies (Ea) for the reactions of (4+2), (3+2) and (2+2) cycloadditions. The data set included 1356 reactions, collected manually from the manuscripts of PhD thesis works of Prof. Konovalov’s group from Kazan Federal University published in 1970-1990, measured in C6H5CH3, CH3COOC2H5, C5H5OCH3, C6H5NO2, CH3CN, C2H5OH, C6H5Cl, THF, CH2Cl2, DMSO, CHCl3, C2H4OC2H4O, C5H11OH, C6H5Br, C6H6, CH3COCH3, C6H12 and CH2ClCH2Cl solvents at temperatures varying from 273 t...

Read More

March 05, 2018

Prediction of the rate constant of the reactions of Cycloaddition

Ramil Nugmanov

The model predicts the rate constant (log k) for the reactions of (4+2), (3+2) and (2+2) cycloadditions. The data set included 1849 reactions, collected manually from the manuscripts of PhD thesis works of Prof. Konovalov’s group from Kazan Federal University published in 1970-1990, measured in C6H5CH3, CH3COOC2H5, C5H5OCH3, C6H5NO2, CH3CN, C2H5OH, C6H5Cl, THF, CH2Cl2, DMSO, CHCl3, C2H4OC2H4O, C5H11OH, C6H5Br, C6H6, CH3COCH3, C6H12 and CH2ClCH2Cl solvents at temperatures varying from 273 to ...

Read More

March 05, 2018

Prediction of the pre-exponential factor of the reactions of Cycloaddition

Ramil Nugmanov

The model predicts the pre-exponential factors (log A) for the reactions of (4+2), (3+2) and (2+2) cycloadditions. The data set included 1237 reactions, collected manually from the manuscripts of PhD thesis works of Prof. Konovalov’s group from Kazan Federal University published in 1970-1990, measured in C6H5CH3, CH3COOC2H5, C5H5OCH3, C6H5NO2, CH3CN, C2H5OH, C6H5Cl, THF, CH2Cl2, DMSO, CHCl3, C2H4OC2H4O, C5H11OH, C6H5Br, C6H6, CH3COCH3, C6H12 and CH2ClCH2Cl solvents at temperatures varying fr...

Read More

March 04, 2018

ПРОВЕРКА КОМПЬЮТЕРНОЙ СИСТЕМЫ РЕТРОСИНТЕЗА CHEMATICA

Timur Madzhidov

ПРОВЕРКА КОМПЬЮТЕРНОЙ СИСТЕМЫ РЕТРОСИНТЕЗА CHEMATICA

Несколько коротких постов. Пост 2. Про хемоинформатику

Ретросинтез - главный способ искать путь синтеза интересующего соединения. Есть компьютерные программы для его проведения, например, Chematica. Недавно опубликовали статью по испытанию программы - результаты обнадеживающие. Подробнее на https://geektimes.ru/post/298713/

Когда-нибудь напишу подробнее об этом, но пока только ссылки: оригинальная статья о Chematica http://www.cell.com/...

Read More

March 04, 2018

РЕГУЛЯРНЫЕ ВЫРАЖЕНИЯ В ПИТОНЕ

Timur Madzhidov

РЕГУЛЯРНЫЕ ВЫРАЖЕНИЯ В ПИТОНЕ

Несколько коротких постов. Пост 1. Про программирование.

Регулярные выражения - удобный способ искать текстовую информацию в удобном формате. Неплохой обучающий пост о том, как искать регулярками в Python.

https://habrahabr.ru/post/349860/

Links:

Read More

March 03, 2018

AI hackathon (https://m.vk.com/aihackathon)

Timur Madzhidov

AI hackathon (https://m.vk.com/aihackathon)

Место встречи биомедицинских стартапов и экспертов!

У вас еще есть шанс зарегистрироваться и попасть на хакатон по цифровой медицине в Санкт-Петербурге. Это вызов в будущее -разработать с командой сервис для оцифровки и структурирования медицинских данных #ТилТехМедХак

Где? г. Санкт-Петербург, GrowUp коворкинг, Большой Сампсониевский пр-т, 61, корп. 2А (метро Выборгская).

Когда? 17-19 ноября

Для кого? Биомедицинские стартапы, специалистов по ма...

Read More