News list

March 01, 2018

СТИПЕНДИИ ДЛЯ ОБУЧЕНИЯ ЗАРУБЕЖОМ

Timur Madzhidov

СТИПЕНДИИ ДЛЯ ОБУЧЕНИЯ ЗАРУБЕЖОМ

Новая информация о стипендиях (доступны точно в КФУ, но возможно и в других университетах тоже)

https://vk.com/topic-107190233_35384093

Read More

February 26, 2018

КНИГИ ПО МАШИННОМУ ОБУЧЕНИЮ

Timur Madzhidov

КНИГИ ПО МАШИННОМУ ОБУЧЕНИЮ

Для тех, кто хочет стать гуру машинного обучения, интересная компиляция (со ссылками) книг, которые вам в этом помогут.

https://tproger.ru/books/10-books-about-machine-learning/

Но от себя хотел добавить также: 1. Christopher Bishop - Pattern Recognition and Machine Learning. Культовая книга для тех, кто понял азы и хочет понять математику. Отличное изложение, примеры хорошие, много математики с доходчивыми объяснениями. Недостаток - сложновато. http://users.isr...

Read More

February 24, 2018

Group leader in Computational Chemistry at Merck-Serono - Darmstadt (Germany)

Timur Madzhidov

Group leader in Computational Chemistry at Merck-Serono - Darmstadt (Germany)

Вот так... Мерк ищет лидера группы вычислительной химии. Требования крутые конечно, например, желательный опыт 5 лет в фарме, но в остальном вполне демократичные. Желающих будет много, не сомневаюсь.

Этим постом просто хотел, чтоб читатели нашей группы посмотрели что сейчас нужно фарме. Думаю, это может помочь в карьере, кто решил посвятить себя этой области.

Your role: A driven, curious, collaborative and skil...

Read More

February 23, 2018

Недавно я писал о проблеме предсказания скрытых участков связывания и приводил ссылку на сервер...

Timur Madzhidov

Недавно я писал о проблеме предсказания скрытых участков связывания и приводил ссылку на сервер CryptoSite. Но CryptoSite – хорошо, но лучше, конечно, такие участки искать методами молекулярной динамики...

И недавно нашёл (точнее, мы с [id282276|Тимур Маджидов] одновременно обнаружили) ещё один сервис для предсказания таких скрытых участков. В составе уже описанного ниже [id282276|Тимур Маджидов] сервиса Playmolecule.org. Сервис называется CryptoScout: http://playmolecule.org/cryptoScout/. И...

Read More

February 23, 2018

Недавно я писал о проблеме предсказания скрытых участков связывания и приводил ссылку на сервер...

Timur Madzhidov

Недавно я писал о проблеме предсказания скрытых участков связывания и приводил ссылку на сервер CryptoSite. Но CryptoSite – хорошо, но лучше, конечно, такие участки искать методами молекулярной динамики...

И недавно нашёл (точнее, мы с Тимуром Исмаиловичем одновременно обнаружили) ещё один сервис для предсказания таких скрытых участков. В составе уже описанного ниже Тимуром Исмаиловичем сервиса Playmolecule.org. Сервис называется CryptoScout: http://playmolecule.org/cryptoScout/. И он основа...

Read More

February 22, 2018

КАК ОБРАБОТАТЬ КУЧУ ФАЙЛОВ РЕЗУЛЬТАТОВ КВАНТОВОЙ ХИМИИ

Timur Madzhidov

КАК ОБРАБОТАТЬ КУЧУ ФАЙЛОВ РЕЗУЛЬТАТОВ КВАНТОВОЙ ХИМИИ

Для тех кто занимается квантовой химией. Не мог не рассказать. Нарвался на форуме на интересное обсуждение инструментов для тех, кто вынужден запускать множество квантовохимических расчетов и кому приходится потом обрабатывать всю эту кучу файлов и решил для начала вынести кое-какие находки оттуда и расширить их своими знаниями.

Я и сам писал, и знаю что многие, кто занимался квантовой химией, писали скриптики, чтобы обрабатывать множе...

Read More

February 20, 2018

БИОИЗОСТЕРНЫЕ ЗАМЕЩЕНИЯ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ RDKIT

Timur Madzhidov

БИОИЗОСТЕРНЫЕ ЗАМЕЩЕНИЯ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ RDKIT

Биоизостеризм - это явление, когда структурно разные соединения обладают схожими свойствами. Возникает оно потому, что разные структурные группы могут приводить к одинаковому связыванию молекулы с биологической мишенью. Действительно возьмете вы фенильную группу или тиофен - они оба плоские, ароматические, примерно одинакового объема, поэтому в молекуле можно заменить один фрагмент на другой и скорее всего активность значительно не изменится. Ес...

Read More

February 17, 2018

И снова я, и снова прошу о помощи...

Timur Madzhidov

И снова я, и снова прошу о помощи...

Изучаю путём докинга вальтрат. Вот ссылка на него: http://zinc.docking.org/substance/4098355

И не могу подготовить его к докингу. Как обычно, провожу в ADT команды на добавление водородов, вычисление зарядов по Гастайгеру, объединение неполярных атомов водорода... И после последней команды молекула исчезает совсем!

Не подскажете, почему так происходит и как с этим бороться?

Заранее спасибо.

Read More

February 17, 2018

И снова я, и снова прошу о помощи...

Timur Madzhidov

И снова я, и снова прошу о помощи...

Изучаю путём докинга вальтрат. Вот ссылка на него: http://zinc.docking.org/substance/4098355

И не могу подготовить его к докингу. Как обычно, провожу в ADT команды на добавление водородов, вычисление зарядов по Гастайгеру, объединение неполярных атомов водорода... И после последней команды молекула исчезает совсем!

Не подскажете, почему так происходит и как с этим бороться?

Заранее спасибо.

Read More

February 17, 2018

Post-doc position Machine Learning for Drug Discovery at Janssen

Timur Madzhidov

Post-doc position Machine Learning for Drug Discovery at Janssen

Владимир Чупахин, мой старый знакомый, ищет постдока по анализу данных для создания лекарств на годовой контракт в компанию Янсен (подразделение Джонсон и Джонсон). Позиция открыта срочно, до марта.

Информация ниже.

Context

Janssen unites all pharmaceutical companies under the umbrella of Johnson and Johnson, one of the biggest health care companies in the world. Small molecule research remains a core activity in brinin...

Read More