News list

November 10, 2018

Химики запатентовали метод получения топлива из грибов

Timur Madzhidov

Химики запатентовали метод получения топлива из грибов

Группа исследователей с участием сотрудников химического факультета МГУ создала процесс, с помощью которого можно синтезировать транспортное топливо из грибов в одну стадию, и запатентовали катализатор. За счёт высокого содержания триглицеридов, которые которые при взаимодействии с водородом могут быть переработаны в углеводородов, грибы стали весьма перспективным объектом исследования.

Подробнее: https://mendeleev.info/grimy-otsuda/

...

Read More

November 10, 2018

ОБЗОР ПО КОВАЛЕНТНОМУ ДОКИНГУ

Timur Madzhidov

ОБЗОР ПО КОВАЛЕНТНОМУ ДОКИНГУ

Обычно разработка лекарств ставит перед собой задачу создания обратимого ингибитора, то есть молекулы, которая связывается с белком и уходит неизменной. Однако многие молекулы (даже аспирин!) на самом деле являются ковалентно-связанными ингибиторами: либо сама молекула необратимо связывается с белком за счет образования ковалентной связи, либо после связывания молекулы она что-то делает с белком, ацилирует, например (классификация не строгая - по сути это одно и...

Read More

November 09, 2018

"Органическая химия" Марча, в рекламе не нуждающаяся.

Timur Madzhidov

"Органическая химия" Марча, в рекламе не нуждающаяся. Отсканировано в максимально хорошем качестве, тескт распознан, есть оглавление. Каждый из четырех томов - в pdf и djvu.

Links:

Read More

November 09, 2018

В феврале 2019 Институт биоинформатики совместно с Университетом ИТМО, Stepik и Rosalind уже в...

Timur Madzhidov

В феврале 2019 Институт биоинформатики совместно с Университетом ИТМО, Stepik и Rosalind уже в третий раз проведет онлайн-олимпиаду по биоинформатике Bioinformatics Contest!

Для победы нужно решить как можно больше биоинформатических задач за 24 часа, используя любой удобный язык программирования. Если вы хотите попробовать свои силы, подписывайтесь на новости — bioinf.me/contest и регистрируйтесь — stepik.org/43615!

Олимпиада пройдет полностью онлайн на платформе Stepik. Отборочный тур п...

Read More

November 08, 2018

ШКОЛА ПО ДИЗАЙНУ ЛЕКАРСТВ В ОЛОМОУЦЕ, ЧЕХИЯ

Timur Madzhidov

ШКОЛА ПО ДИЗАЙНУ ЛЕКАРСТВ В ОЛОМОУЦЕ, ЧЕХИЯ

С 21 по 25 января в Оломоуце (Чехия) пройдет 4я Школа по Дизайну лекарств. Рассматриваются разные вычислительные инструменты и подходы для разработки леакрств. Желательно иметь базовые навыки программирования на Python - будут занятия по QSAR и глубокому обучению, при этом все равно краткое введение в Python будет дано. Рассмтариваются: -фармакофорное моделирование (LigandScout) -докинг (AutoDock Vina) -QSAR c помощью RDKit, scikit-learn и SPCI - м...

Read More

November 05, 2018

КЛАССНЫЙ МАТЕРИАЛ О МУКОВИСЦИДОЗЕ

Timur Madzhidov

КЛАССНЫЙ МАТЕРИАЛ О МУКОВИСЦИДОЗЕ

Полная история о лечении муковисцидоза - от опсиания болезни, симптомов, к молекулярному механизму, мутациям, вызывающим болезнь, и способам разработки лекарств от него.

Читайте все сами. Материал потрясающий.

https://biomolecula.ru/articles/mukovistsidoz-pervye-nadezhdy?fbclid=IwAR1LfURiRxj_3Qn64yLr0HkGGZBG_gHKTqgKynONhXU4HFkS5iPeOIyrW0A

Links:

Read More

November 03, 2018

#__inn__scientific_computing

Timur Madzhidov

innscientific_computing

В pandas нет встроенного параллелизма, в отличие от многих сборок numpy. Это огромная проблема, т.к. часто обработка таблиц is embarassingly parallel, т.е. разбивается на большое число независимых подзадач, которые в 2018 году нужно уметь распараллеливать. Тем не менее, это не значит, что его нельзя привнести руками. В статье нет ничего приницпиально нового, но в ней описан полезный паттерн в духе map-reduce, который стоит перенять. Насколько я знаю, он лежит в ос...

Read More

November 03, 2018

ИСКУСТВЕННЫЙ ИНТЕЛЛЕКТ ИДЕТ В СИНТЕТИЧЕСКУЮ ХИМИЮ

Timur Madzhidov

ИСКУСТВЕННЫЙ ИНТЕЛЛЕКТ ИДЕТ В СИНТЕТИЧЕСКУЮ ХИМИЮ

Не верите? Посмотрите обзоры и highlight статьи, которые вышли в этом году!

Мы начали этим заниматься в 2014 году в рамках проекта РНФ, который в этом году заканчивается, к сожалению. Много опубликовали и много еще неопубликованных результатов (не говоря о том сколько было ошибок). Тогда вообще в этом никого не было. А теперь нам со всех сторон наступают на пятки.

Но мы пойдем дальше. Интересно - присоединяйся к нам!

  • Reaction: The Near ...
Read More

October 31, 2018

ПИТОН - ОСНОВНОЙ ЯЗЫК ПРОГРАММИРОВАНИЯ В ХЕМОИНФОРМАТИКЕ

Timur Madzhidov

ПИТОН - ОСНОВНОЙ ЯЗЫК ПРОГРАММИРОВАНИЯ В ХЕМОИНФОРМАТИКЕ

Основной язык программирования в хемоинформатике теперь Питон. Это уже несомненно. Есть конечно известные хемоинформатики, которые не программировали никогда. Есть гуру, которые пишут на Java (например Питер Эртль из Новартис, группа Байората из Бонна) или C (Грег Ландрум который был в Новартисе кажется - автор RDKit, Роджер Сайль из NextMove). Но и они все больше отдают предпочтение Питону, либо делают под него оболочки. Кроме того, е...

Read More

October 29, 2018

ГАУССОВЫ ПРОЦЕССЫ ДЛЯ НОВИЧКОВ

Timur Madzhidov

ГАУССОВЫ ПРОЦЕССЫ ДЛЯ НОВИЧКОВ

Сегодня студентам читал Байесовские методы в машинном обучении. Есть очень интересный метод, называется Гауссовы процессы (https://en.wikipedia.org/wiki/Gaussian_process). Вообще про него я рассказать не успел, но пока готовился нашел очень неплохое объяснение, что это за метод машинного обучения. Смотрите в самом низу. В нем не только обхъяснение самого метода, но еще и код на Питоне, чтобы самому реализовать метод и поиграться с ним.

Скажу кратко самое важн...

Read More